ミドルタワーとコンパクトゲーミングパソコンでは、同じ構成にカスタマイズした場合、性能に違いはありますか。

使用パーツが同じであれば、基本的に性能はほぼ同じです。
異なる点としては、ケース内部のエアフローや拡張性に違いがあります。
ケースが大きい方が内部に熱は溜まりにくいため、拡張性が優れているものが多いです。