マザーボードのチップセットの違いによってパフォーマンスに差はありますか。

同じCPUに対応しているモデル同士の場合、体感的に大きな速度差を感じる場面は少ないです。
ただし、拡張性や機能の有無には差があるので、ご使用目的に合わせてご選択ください。